Потери обеих сторон в Ледовом побоище оценить довольно сложно. Цифры, приводимые в Новгородской летописи,-400 погибших немецких и датских воинов-являются, скорее всего, максимальным значением. Сколько погибло эстонских ополченцев, определить невозможно. Такая же ситуация и со статистикой потерь русского войска. Хотя они, скорее всего, были меньше, чем у крестоносцев, любые цифры являются только предположительными.

После мирных переговоров, последовавших за битвой на Чудском озере, крестоносцы возвратили все земли, захваченные ими в предшествующий период, в том числе и Изборскую крепость. Еще одним последствием сражения стала волна мятежей, прокатившаяся по землям, контролируемым орденом,Пруссии, Курляндии и Ливонии. Дания после битвы расширила автономию своих земель в Северной Эстонии и в конце-концов уступила их Тевтонскому ордену. На какое-то время крестоносцы не могли представлять угрозы для Новгорода.

Поражение Новгородского крестового похода привело также к развитию отношений между католической и православной церквями в Прибалтике. Новый Папа Римский, Иннокентий IV, попытался выиграть кампанию, используя не военные средства, а дипломатию. Епископ Герман Дерптский был вынужден признать, что экспансия католической церкви на земли язычников в Балтии является вмешательством во внутренние дела Руси. Следующие 20 лет с точки зрения отношений между христианскими церквями в этом регионе были сравнительно мирными.

Поражение крестоносцев на Чудском озере позволило русским князьям направить все свои усилия на борьбу с другими внешними угрозами. Например, Александр Невский трижды во главе русского войска давал отпор набегам литовцев. Однако самым важным было южное направление-на берегах Волги выросла столица Золотой орды, представлявшей постоянную опасность для русских княжеств. Александру Невскому удалось наладить отношения с ханом и очень эффективно действовать в качестве данника монголов. Он тяжело заболел во время поездки в орду, куда отправился просить о милости для новгородцев, выгнавших ханских баскаков, и в 1263 году умер. Скорбь наполнила русскую землю. Когда архиепископу Кириллу сообщили о смерти князя, он сказал пастве: «Солнце Русской земли закаталось, дети мои».