Ионическое восстание против персидского владычества в 500 году до н.э. заставило Дария Великого ускорить вторжение в Грецию. Греки, проживавшие в Ионии (область на западном побережье Малой Азии - в настоящее время это часть территории Турции), находились под властью персов с середины VI века до н.э. Правда, при этом ионическим грекам (ионийцам) было позволено сохранить свою систему правления и религию. Для управления ионическими городами из числа местной знати назначались правители, так называемые тираны. С другой стороны, поскольку Афины в то время жили при демократии, подчинение ионических греков персидскому царю, в том числе с обязанностью несения военной службы, представлялось некой формой рабства.

Персидские воины славились своей храбростью, они были отличными бойцами и наездниками, а персидское государство имело хорошо налаженные системы управления и коммуникаций. По меркам того времени персидские цари были в целом справедливыми правителями. Персидское владычество рассматривалось значительной частью греков как терпимое - из сотен городов Эллады лишь 30 оказали активное сопротивление персам в 480-479 годах до н.э. Рассказы о том, что все греки как единая нация героически противостояли персам, - миф.

Когда в 546 году до н.э. после падения Лидии (Иония на тот момент находилась под властью Лидии, которой правил царь Крёз) ионические греки подпали под власть Персии и обратились к спартанцам за помощью, но персидский царь Кир II отверг просьбы послов Спарты. Через 40 лет Афины обратились к Персии с предложением сформировать союз против Спарты, которая, как считали афиняне, не принимала афинской демократической системы правления и была намерена поддержать изгнанного тирана Еиппия. Был проведен особый ритуал, который означал, что афиняне выказывают покорность в обмен на дружбу со стороны персов. Когда же в 504 году до н.э. Спарта попыталась вернуть Шппия в Афины, это намерение встретило такое сопротивление со стороны греческих городов-государств во главе с Коринфом, что спартанцы отказались от своего намерения.

К 500 году до н.э. Персидская империя расширила свои владения до границ с Македонией, и теперь северная Греция находилась совсем близко. Персидский царь Дарий I совершил военный поход в район севернее Дуная и на северное побережье Черного моря , который в целом результата не дал. В то же время правивший Милетом тиран Аристагор, выходец из Ионии, достигший  высокого положения при Дарии I, попытался захватить богатый остров Наксос, расположенный в Эгейском море, но потерпел неудачу. Это вызвало возмущение ионических греков, а сам Аристагор стал должником. Тогда он решил поднять восстание против персидского царя. Он отказался от должности тирана, обещал свободу жителям Милета и установил в городе демократическое правление, а также убедил присоединиться к восстанию другие ионийские города.

Однако с точки зрения военного потенциала Иония несравнимо уступала Персидской империи, поэтому Аристагор предпринял попытку найти союзников. Вначале он отправился в Спарту, где объявил, что возглавил восстание ионических греков против персидского владычества с целью освободить греков из рабства. Принимая во внимание большие расходы, которые требовала кампания против Персии, а также другие риски, спартанцы отказались. Тогда Аристагор обратился к Афинам, которые к тому времени уже находились в натянутых отношениях с персами по причине того, что их бывший тиран Шппий, находившийся в Персии, не прекратил попыток возвратить себе утраченную власть. Предоставивший Шппию убежище брат персидского царя и сатрап Лидии Артаферн потребовал от афинских послов принять Шппия обратно. В итоге Афины заявили, что отныне находятся в состоянии войны с Персией, а Аристагор убедил афинян направить флот из 20 кораблей и 5000 воинов на помощь восставшим ионическим грекам. Однако затем по вине греков в городе возник сильный пожар, и сгорел храм местной богини Кибелы, что возмутило местное население, которое дало отпор повстанцам, и тем пришлось отступить к побережью. В битве у Эфеса царские войска нанесли мятежникам поражение. Сторонники Аристагора отступили, а афинские корабли и войска покинули их и вернулись домой.

Однако восстание еще не было подавлено - к нему присоединились многие греческие города Малой Азии и почти весь Кипр. Известия о мятежах заставили персов предпринять более активные действия против восставших, но только в 494 году до н.э. персы, подавившие к тому времени восстание на Кипре, смогли предпринять поход на Милет - центр восстания. Мятежники решили, что оборону Милета будут осуществлять жители, а они с моря защитят город крупным союзным флотом. Однако из-за раскола в рядах повстанцев и в результате умелых действий персидских военачальников восставшие потерпели поражение в морском сражении при Ладе. Затем Милет пал. Конец восстания. В 493 году до н.э. по окончании зимы персидские войска один за другим захватили восставшие города. Лидеры выступления были казнены, а само восстание в итоге подавлено. Дарий I, желая отомстить грекам, которые поддерживали восставших, в 492 году до н.э. двинул войска на запад. Главными его целями стали Афины и Эретрия, но стратегической задачей являлось подчинение своей власти как можно большего количества независимых греческих городов. В том же году была завоевана Фракия, а Македония признала владычество персидского царя.

Тем временем греки продолжали вести разорительные междоусобные войны. В 494 году до н.э. Спарта нанесла поражение Аргосу, тогда как Афины, находившиеся в противостоянии с Эгиной, сильной морской державой того времени, вынуждены были создавать свой мощный флот. Впрочем, афиняне видели и новую серьезную угрозу с востока -столкновение с персами было неизбежным. Послы, направленные в 491 году до н.э. Дарием I, в Спарте и Афинах были убиты, но остальные города согласились на требование «дать земли и воды».В 490 году до н.э. персы, собрав сильный флот, перешли через Эгейское море и захватили Эретрию, а затем высадились в районе Марафона. Греки не могли противостоять мощному флоту персов, но войско из 9000 афинян и 600 платей-цев в битве при Марафоне нанесло им поражение. Уцелевшие корабли Дария поплыли вдоль побережья к Афинам, но греки совершили быстрый марш и предотвратили новую высадку. Персам пришлось вернуться домой. Новый поход против греков они были вынуждены отложить, потому что в Египте вспыхнуло восстание. В 486 году до н.э. умер Дарий I, и лишь через шесть лет персидский царь Ксеркс I предпринял новый поход против греков.