Галеры доминировали на море почти 2000 лет, однако появление на флоте пушек привело к необходимости создания кораблей нового типа.Галеры устарели еще до Битвы при Лепанто. Большие парусные корабли помогали европейским морякам и исследователям преодолевать огромные пространства Атлантического океана, а новое парусное вооружение позволяло команде выполнять уверенное маневрирование в различных условиях. В это же время оружейники создали более мощные и дальнобойные орудия. Вооруженные новыми пушками парусные корабли сделалигалеру совершенно устаревшим средством ведения войны на море. В итоге битва при Лепанто стала кульминацией и одновременно закатом эпохи галерного флота.

Во многих странах галеры старались приспособить к борьбе с парусными кораблями. В их конструкцию вносились различные изменения, огневая мощь судов этого типа постоянно возрастала. Галеры оснащались все большим количеством пушек, но одновременно росла их масса и, соответственно, увеличивалось количество гребцов, которые требовались для обеспечения их движения. В итоге дальность плавания модернизированных галер существенно снизилась, причем также ухудшилась и их маневренность. Зато достаточно сильно возросла стоимость постройки и содержания таких кораблей.Венецианцы использовали на своих галерах в качестве гребцов преимущественно свободных граждан, но большая часть гребцов на галерах других флотов средиземно-морских государств в то время была представлена преступниками или рабами. Для охраны таких гребцов требовалось много солдат и надсмотрщиков. На стандартной венецианской галере на каждом борту имелось по 24 банки, по три гребца со своим веслом на каждой банке. В общей сложности получалось 72 весла и гребца на каждый борт и 144 весла и гребца на одной галере. На более поздних галерах стали применять другую организацию гребцов: на каждом борту имелось всего по 24 весла, но на каждом из них сидели несколько гребцов (например, четыре - один свободный гражданин и три раба). В таком варианте галера имела большую скорость хода и была более маневренной.На галерах флота Османской империи все гребцы были рабами, из которых многие являлись захваченными в плен христианами европейских государств. Так что во время боя за ними приходилось присматривать, из-за чего многие солдаты отвлекались от ведения боя.

В состав флотов разных стран входили галеры различных типов. Обычные галеры (Gallia sotil) являлись основным видом кораблей этого типа и составляли порядка 80% численности флотов в Битве при Лепанто. Длина стандартной венецианской галеры составляла 41 м при ширине 5 м и водоизмещении порядка 200 тонн. Вооружение галеры составляли орудие крупного калибра в носу (ставилось в диаметральной плоскости корабля), а также две пушки меньшего калибра, устанавливавшиеся по бокам от первой. Испанцы уделяли артиллерийскому вооружению больше внимания и использовали галеры преимущественно для перевозки воинских контингентов, тогда как венецианцы и турки отдавали предпочтение маневренным качествам и быстроходности своих галер (пушек и солдат на них было существенно меньше, чем у испанцев).Командиры эскадр и командующие флотами часто использовали в качестве своих флагманских кораблей галеры большего водоизмещения и с более мощной артиллерией в носу. Данные корабли назывались лантерна-ми - по названию сигнального фонаря, который размещался на корме корабля (lantern). Большие галеры также использовались в качестве так называемых командирских (в Италии, Испании и на Мальте они именовались «Capitana»). В частности, такие галеры имелись у командиров отдельных национальных эскадр - папской или рыцарей ордена Святого Иоанна.

Галиот являлся уменьшенным вариантом обычной галеры - всего 16-20 весел на борт. Его главным преимуществом была скорость, позволявшая избегать боя с более крупными кораблями. Обычно длина галиота составляла 27 м, а его ширина - 3 м. 20-весельный турецкий галиот нес 60-80 гребцов, 40-60 солдат и незначительное количество артиллеристов. Турецкий флот также располагал 64 фустами -небольшими кораблями, имевшими по 10-15 весел на борт, до 60 гребцов и 30-40 солдат. Обычно фуста имела 21,5 м в длину и всего одно орудие. Для участия в бою фуста была слишком «слаба», но зато могла эффективно использоваться для подвоза подкреплений на галеры в ходе боя. В христианском флоте имелось и свое «секретное оружие» - шесть галеасов, построенных венецианцами на базе больших старых торговых галер. Они были по 47 м длиной и 8 м шириной и имели мощное вооружение. На каждом борту галеаса имелось по 25 весел, по пять гребцов на каждом. Кроме гребцов на каждом галеасе находилось по 250-300 солдат и 70 моряков для работы с парусами. В отличие от галер, на галеасах вместо небольшой носовой батареи имелась большая платформа, на которой размещалось до 9 орудий крупного калибра. Дополнительные орудия ставились вдоль бортов и на кортовой платформе. Венецианские галеасы имели три мачты с латинскими парусами, но все же в основном они двигались за счет весел, так что корабли не отличались высокой скоростью и маневренностью. При Лепанто они себя не проявили.

Количество галер во флотах противников, участвовавших в Битве при Лепанто, было примерно одинаковым.Флот Священной лиги включал 206 галер и шесть галеасов. Обычно на галере размещалось около 200 гребцов, тогда как на галеасе - 320 гребцов и моряков. На венецианских кораблях дополнительно находилось 1500 испанских и 2500 итальянских солдат, поэтому в среднем на каждой венецианской галере имелось по 80 солдат (50 венецианцев и 30 представителей других народов). На испанских галерах в среднем находилось по 145 солдат, а на галерах папской и генуэзской эскадр -по 120-130 солдат. На момент начала сражения эскадры насчитывали следующее количество солдат: венецианская - 5000 человек, папская - 1500, германская - 5000, испанская - 8000, итальянская - 5000, а также 4000 человек, записанных как наемники. Итого 28 500 солдат, плюс около 40 тысяч моряков и гребцов.Турецкий флот насчитывал 208 галер, включая лантерны, а также 56 галиотов и 64 фусты. Каждая турецкая галера имела в среднем около 200 гребцов, на галиотах их было по 80 человек, а на фустах - по 60. В общей сложности турецкий флот насчитывал около 50 тысяч моряков' и гребцов. Численность солдат, и абордажных команд достигала 27 тысяч человек, включая 10 тысяч янычар, около 2000 спешенных спаги ^Легкая кавалерия) и примерно 4000 наемников и добровольцев (ополченцев). Так, например, флагманский корабль Али-паши, «Султана» (крупная лантерна), имел на борту 200 янычар.

Хотя флоты в целом были равны по численности, но христианские корабли имели больше тяжелого вооружения - более половины из. них несли не менее пяти носовых, орудий. Обычные венецианские галеры и, вероятно, все турецкие галеры несли по три носовых орудия. Численность солдат и абордажных команд была примерно равной, но значительное количество христианских солдат было вооружено аркебузами и мушкетами, тогда как две трети турецких солдат - только луками. Кроме того, в абордажном бою могли принимать участие гребцы христианских галер -свободные граждане, а накануне боя дон Хуан Австрийский приказал расковать рабов и преступников и раздать им оружие - в случае победы им обещали свободу. Гребцы же турецких галер являлись невольниками, и для присмотра за ними приходилось выделять некоторое количество солдат. Если сравнивать флоты только по численности, то турецкий флот превосходил флот Священной лиги, хотя последний обладал преимуществом по количеству солдат и гребцов - свободных граждан. Особо стоит отметить, что турецкий флот располагал значительным количеством мелких кораблей, которые в ходе сражения могли подвозить подкрепления на большие галеры или же использоваться в качестве мобильного резерва. На стороне турок был также тот ужас, который они за предшествующие годы стремительной экспансии в Средиземноморье навели на жителей европейских стран. Турецкая армия и флот имели на тот момент репутацию непобедимых, однако при Лепанто этот миф был успешно развеян.