Еще одним великим учителем гностицизма был Маркион. Сын богатого судовладельца с Черноморского побережья, по видимому, родился в конце первого века нашей эры. Около 140 года он отправился в Рим, где начал проповедовать свои собственные теологические взгляды. В 144 году он попытался заинтересовать ими Римскую церковь, но не преуспел в этом, так что он взялся за основание своей собственной церкви, он продолжал проповедовать вплоть до своей смерти ок. 160 г. Влияние Маркиона было весьма значительным, особенно на Ближнем Востоке: в Сирии существовали целые общины, исповедовавшие его версию христианства вплоть до середины пятого века.

Маркион невзначай внес большой вклад в развитие ортодоксального христианства. Он учил теории двух богов: доброго, истинного Бога, пребывающего в дальней выси, пославшего Иисуса Христа в качестве Спасителя, и низшего, злого божества, создателя и правителя этого мира, которого он идентифицировал с Богом Ветхого Завета. Естественно, это сформировало в нем враждебную настроенность по отношению к еврейской Библии. Маркион создал первый канон христианских писаний, сурово раскритикованный. Маркион полностью исключил весь Ветхий Завет, его «библия» включала в себя Евангелие от Луки, из которого были убраны элементы, имевшие иудейское звучание, а также девять Посланий Павла. Именно в противовес канону Маркиона формировавшаяся католическая церковь начала составлять свой собственный канон Нового Завета  этот процесс был завершен лишь в четвертом веке.

В «библии» Маркиона любопытно значение, приданное писаниям Павла,  кроме них, там почти ничего и не присутствует. Это представляется странным, потому что за Павлом обычно признаются права духазиждителя ортодоксального христианства. Многие утверждали, что он дал значительно больше для развития христианской мысли, чем сам Христос. Но в творениях Павла явно чувствуется привкус гностицизма. В Послании Галатам  Павел говорит, что Закон «преподан чрез ангелов, рукою посредника». По мнению гностиков, это означало, что Закон Ветхого Завета был дан не прямо Богом, но через участие особых посредников, действовавших от имени Бога.

Это давало почву для взглядов, подобных Маркионовым, согласно которым Бог Ветхого Завета представляет собой фигуру меньшего масштаба, в некотором отношении исполненную злой воли. И если большинство современных ученых полагают, что послание Ефесянам было написано не самим Павлом (они датируют его концом первого века нашей эры, когда прошло уже 30—40 лет с момента смерти Павла), то Маркион считает, что автором его был Павел. Маркион сделал его частью своего канона. В Послании Ефесянам мы читаем: «Потому что наша брань не против крови и плоти, но против начал ьст», против властей, против мироправителей тьмы века сего, против духов злобы поднебесных»

Тут присутствует эхо ключевой темы гностицизма: существования архонтов, невидимых правителей небесного царства, стоящих между Богом и нами. Согласно эзотерическому мировоззрению, широко распространенному в древности, существовали небесные «княжества» и «силы», которые посредничали между Единым Всевышним Богом и миром материи и видимостей, расположенным в нашем пространстве. Гностики и ортодоксальные христиане спорили в основном не о возможности существования этих сил, но о том, какими, добрыми или злыми, являлись они в своей основе.