У их католических современников не было сомнений на сей счет: катаризм являлся детищем отвратительной ереси Мани, несколько изменившей свою восточную форму и проложившей себе путь на Западное Средиземноморье. Современные ученые не вполне в этом уверены. Более осторожные из их числа стремятся поставить под сомнение идею непрерывности «великой ереси», как ее стали называть, и фокусируются в первую очередь на разрывах в этой столь часто поносимой традиции. Тем не менее, по-видимому, все же существуют связи между религией Света в Вавилоне и добрыми людьми Прованса. Эти нити протянулись по краям великих религиозных империй христианства и ислама, как они сложились на момент раннего средневекового периода.

Армения, Балканы и богомилы Первым из регионов, где нашли себе прибежище секты, близкие по своей ориентации к манихейству, была Армения. Армяне гордятся тем, что они были первым христианским народом. Они приняли это вероисповедание в качестве своей единственной религии в 301 году  более чем за десять лет до того, как христианство просто обрело легальный статус в Римской империи. В первые века нашей эры Армения сохраняла свою независимость путем хитрого политического балансирования, столь часто являющегося необходимым для малых наций, живущих в тени больших. Однако в итоге в 387 году Армению поделили между собой Византийская империя и Персия Сасанидов. Но и последующие века ее положение приграничного региона, находящегося на стыке двух великих держав, позволяло ей предоставлять убежище еретикам и схизматикам самых различных видов.

К первому виду относятся массалиане, «молящиеся люди», антиклерикальная секта, об учении которой мало что известно. Их дуалистические верования, по-видимому, включали в себя идею о том, что каждый человек одержим своим личным дьяволом. Этот дьявол мог быть изгнан лишь с помощью таинства, называемого «крещение огнем», после чего человек, по идее, должен был освободиться от злых влияний и мог отныне делать все, что пожелает. Это повлекло обвинения в безнравственности со стороны ортодоксального клира.Вторую группу представляли павликиане  их так называли изза их особого благоговения по отношению к фигуре апостола Павла. У них также, по-видимому, имелась некоторая разновидность дуалистического учения, проводившего водораздел между злым богомсоздателем этого мира и потаенным богом мира грядущего. Павликиане прославились как велико, лепные воины  они не раз создавали серьезные проблемы для Византийского государства.

Нельзя определенно сказать, в какой степени обе эти секты находились под прямым влиянием религии Мани. Полемисты из лагеря византийской ортодоксальной (позднее православной) церкви часто относили павликиан и массалиан к манихейцам, однако это могло служить для них просто удобной маркировкой. Некоторые  возможно, их большинство  ученые полагают, что существует по крайней мере некоторая связь между манихейцами и двумя армянскими сектами. Другие предпочитают выводить деятельность павликиан и массалиан из наследия маркионитов и ряда подобных им сект гностического христианства, на протяжении веков продолжавших существовать в Сирии и Месопотамии. Так или иначе эти две армянские секты позволили гностическому наследию просуществовать до начала Средневековья.

В 759 году византийский император Константин V переселил часть павликиан на Балканы, надеясь усмирить и обратить их в ортодоксальную веру. Такое переселение в итоге оказалось катастрофическим для самих византийцев. Вместо кроткого обращения в ортодоксальную веру павликиане начали распространять свои еретические идеи. Это оказалось особенно легко осуществить, поскольку византийцы вскоре уступили контроль над регионом булгарам, языческому тюркскому народу, с легкостью прошедшему через Балканы и основавшему там свою империю.