Религии Мани было не суждено одержать триумф в итоге. Она продемонстрировала пример отважной борьбы за собственное существование, ей удавалось удерживать для себя место в религиозной жизни мира на протяжении примерно тысячи лет после смерти ее создателя. Но в итоге она фактически погибла  по крайней мере в своей первоначальной форме. Гностицизм пал прежде всего в результате обрушившихся на него преследований. В 302 году нашей эры римский император Диоклетиан, гонитель христианства, издал суровый эдикт, направленный также и против манихейцев,  очевидно, он считал их пятой колонной персов, архиврагов Рима.

Этот запрет на деятельность манихейцев был снят подписанным в Милане в 312 году указом императора Константина, провозглашавшим всеобщую религиозную свободу в империи. С этого момента манихейство начало быстро распространяться по римским владениям. Отец Церкви Блаженный Августин был слушателем с 373 по 382 год. Однако в итоге окрепший союз римской имперской власти с христианством обрек манихейство на гибель. Христианский император Феодосий (правивший с 379 по 395 год) запретил манихейские собрания. В шестом веке византийский император Юстиниан усилил преследования, начала осуществляться повсеместная чистка рядов имперской бюрократии  выявлялись и уничтожались все обнаруженные приверженцы веры Мани.

Эти официальные гонения наряду с разорениями, вызванными вторжениями варваров, окончательно определили судьбу манихейства в Европе.В Персидской империи преследования, от которых пострадал сам Мани, оказались в целом значительно слабее. Манихейство процветало там до тех пор, пока империя не рухнула в седьмом веке. Захватившие эти области арабы мусульмане некоторое время терпели манихейство, но утвердившийся халифат Аббасидов с центром в Багдаде начал жестокие преследования секты. При всем при этом манихейство продолжало сохраняться в Месопотамии вплоть до десятого века.

Наиболее успешно манихейство утвердилось в Центральной Азии. Манихейские миссионеры осваивали шелковые пути, энергично соперничали с несторианским христианством и буддизмом и достигли даже границ Китая. В 762 году уйгуры, представлявшие собой доминирующую силу в Центральной Азии, приняли манихейство в качестве своей официальной религии.Они даже принуждали подвластные им народы принимать веру Мани. Китайцев уйгуры понудили воздвигнуть два манихейских храма в своей империи.Такое положение дел продолжалось недолго. Когда Уйгурская империя рухнула в 840 году, манихейство оказалось без поддержки официальных кругов. Китайцы начали преследование манихейцев. Последние высмеивались как вегетарианцы и дьяволопоклонники. Однако манихейство продолжало существовать в Китае, особенно в прибрежных районах провинции Фуцзянь. По сути, это последняя область, где продолжали сохраняться остатки религии. Разрозненные элементы манихейства функционировали под личиной секретных обществ вплоть до семнадцатого века.

Так, за всю свою историю религии Мани удалось обрести определенную полноту секулярной власти лишь на короткий период в Центральной Азии. Судьба этого амбициозного, но неудачливого течения указывает на важность политического спонсорства для продвижения какой бы то ни было религии. Чем стало бы христианство, не приди ему на помощь в четвертом веке нашей эры Римское государство? Насколько территориально далеко продвинулся бы ислам, не начни мусульмане насаждать его мечом? Такие столь различающиеся между собой религии, как иудаизм, буддизм, даосизм и конфуцианство,  все они выиграли от поддержки со стороны секулярной силы в ключевые моменты своей истории. Вере Мани судьба не столь благоволила.

Конечно, тут играли свою роль и другие факторы. Одним из них являлось соперничество ряда религий в Западной Азии  месте возникновения манихейства  за благосклонность к ним со стороны светских властей. Кроме того, нельзя не обратить внимание на то, что фундаментальная ориентация религии Мани по отношению к миру также должна была оказать решающее влияние на ее судьбу. Манихейство представляло собой довольно суховатое вероисповедание; его приверженцам надлежало воздерживаться от того, чтобы давать еду нищим, по-скольку это увековечивало бы закабаление искр Света в телах низших созданий. Подобное отношение, очевидно, придавало манихейству достаточно неприглядный образ, что, в общем, препятствовало его успеху. Для того чтобы прочно утвердиться, религии следует достичь точно выверенного баланса между готовностью указывать на иную реальность и склонностью демонстрировать слишком явное презрение к этой. Если вера начинает слишком дистанцироваться от этого мира, то она рискует в нем погибнуть.