Проповедуя и подготовляя крестовый поход на  Западе, Иннокентий III одновременно начал плести нити своей дипломатической паутины в далеком Константинополе. Подобно папам конца XI века, он хотел воспользоваться крестовым походом для того, чтобы заставить правительство Византийской империи признать верховенство римского папы над греческой церковью.

С этой целью Иннокентий III в 1198 и в 1199 годах обращался с пространными посланиями к византийскому императору Алексею III. Этот самодержец в 1195 году с группой заговорщиков-царедворцев произвел государственный переворот, во время которого сверг с престола своего брата, императора Исаака II из рода Ангелов. Мало того, узурпатор приказал выколоть ему глаза и бросить в темницу вместе с сыном-царевичем. Все это было отлично известно папе.

Понимая, что положение Алексея III неустойчиво, он выдвинул перед ним два главных требования: во-первых, Византия должна принять участие в крестовом походе — у императора имеется и достаточно денег для этого и обученное войско; во-вторых, так как язычники угрожают всему христианскому миру, то византийской церкви надлежит, наконец, соединиться со своей матерью — римской церковью, иначе говоря, подчиниться римскому папе. Конечно, крестовый поход будет направлен против мусульман, и целью западного рыцарства явится Иерусалим. Но все-таки, пока еще не поздно, византийскому императору стоит поразмыслить и о том, какую роль его государство сыграет в предстоящих событиях. Он должен занять ясную позицию, чтобы избежать непредвиденных опасностей, которые — как знать — могут возникнуть для Византии с Запада. Папа делал весьма прозрачный намек Алексею III: смотри-ка, не просчитайся, помоги крестоносцам и главное — поставь греческое духовенство во главе с патриархом под власть римского престола. Есть еще время! В противном случае как бы не пришлось тебе позднее, когда западные рыцари двинутся в поход на Восток, раскаиваться в своей неуступчивости.
Видимо, Иннокентий III, затевая крестовый поход, с самого начала связывал с ним определенные планы в отношении Византии: он стремился распространить на Византию владычество римской курии, обратив греков в католицизм. И уже самое провозглашение крестового похода было использовано дипломатией Иннокентия III для того, чтобы скрытыми угрозами склонить Алексея III к выполнению этих замыслов.
Однако намеки Иннокентия III не произвели должного впечатления на Константинополь. Алексей III отвечал на папские увещания уклончиво, и было ясно, что едва ли папа дипломатической игрой, отеческими уговорами или даже угрозами добьется своей цели.