Хотя во время гражданской войны шотландцы и англичане сражались на одной стороне, после казни Карла I они стали противниками.Англо-шотландский конфликт, начавшийся летом 1650 года, стал классическим примером войны, которой в принципе не должно было быть. Эти события наглядно продемонстрировали, как сочетание недопонимания, неудачного выбора времени и импульсивных решений может привести к катастрофическим для бывших союзников последствиям.Главным пунктом разногласий, которые привели к сражению при Данбаре, было различное отношение англичан и шотландцев к королевским прерогативам.

Для шотландцев их король был просто первым среди равных: наследственный представитель знати, который мог быть законно ограничен в своих правах или  даже свергнут с престола, если выяснялось, что он неправильно пользуется вверенными ему полномочиями.На власть короля были наложены четко обозначенные ограничения, и  не было даже намека на подобие доктрины английского абсолютизма вроде «Божественного права королей».Когда в 1630-е годы Карл I начал реализовывать в двух своих королевствах (Англии и Шотландии) радикальную программу светских и религиозных реформ, именно шотландцы первыми воспротивились им. Они подписали Национальный Ковенант, а затем выступили против него, действуя примерно так, как если бы у них была республиканская форма правления. Попытки короля восстановить свою власть в Шотландии в ходе двух коротких войн 1639 и 1640 годов не только потерпели полный крах, но и ослабили позиции монарха во всем королевстве. После восстания 1642 года в Ирландии вспыхнула гражданская война в Англии, а через два года в нее вмешались шотландцы, еще больше усугубив всеобщий кризис и способствуя скорейшей победе Парламента.

Хотя большинство шотландцев сначала сплотилось вокруг Ковенанта, после войны в обществе возник раскол. На одной стороне выступали радикальные сторонники пресвитерианской церкви, которые требовали создания фактически теократического государства. Им противостояли дворянство и горожане, поддерживавшие традиционный баланс между «тремя сословиями» общества (церковью, дворянством и крестьянством). Традиционалисты допустили фатальную ошибку, подписав с королем «Обязательства» и согласившись выступать от его имени в поддержку восстания роялистов в обмен на введение пресвитерианства в Англии. Это вмешательство в дела Англии, ставшее известным как Вторая гражданская война, завершилось в 1648 году катастрофическим поражением в битве при Престоне. После этого разгрома уже сама Шотландия не некоторое время оказалась ввергнута в пучину гражданской войны. Бескомпромиссные сторонники так называемого «кирка» (церкви) совершили переворот и захватили Эдинбург и Стерлинг. Сторонники «Обязательств» оказали сопротивление и в течение недели вернули Стерлинг, но лишь доя того, чтобы договориться о перемирии, столкнувшись с угрозой вмешательства незадолго до этого захватившего в Англии власть Оливера Кромвеля. В ходе последовавших за этим политических маневров поддержка Англии привела к тому, что сторонники «кирка» сохранили контроль над Шотландией.