«Царственным искусством», под которым теперь подразумевали «строительство внутреннего Храма», издавна называлась алхимия, поиски философского камня. Таким образом, совершенно естественно возникло предположение о том, что тайное знание, которое масоны хранят в своем братстве и передают посвященным, на самом деле тайна превращения металлов, которую долгие годы пытались разгадать розенкрейцеры. Всё началось в 1614 году в Касселе с выхода в свет анонимной книги на немецком языке: «Всеобщая и повсеместная реформа всего мира, содержащая Fama Fratemitatis  Высокочтимого Ордена Розенкрейцеров». Это была сатира на проекты реформы, в которых тогда не было недостатка. В манифесте же излагалась биография легендарного основателя ордена розенкрейцеров, имя которого,как и имена членов братства, было обозначено только инициалами.

Согласно ей, некий немец, сирота из благородной, но бедной семьи, получивший воспитание в монастыре, совершил странствие вдоль Средиземного моря, проникся мудростью Востока и сопоставил ее со знанием Запада. Вместе с тремя единомышленниками он основал орден Розы и креста, чтобы сберечь и распространить полученные им знания. Через 120 лет после смерти основателя ордена братья третьего поколения, перестраивая свой «дом», обнаружили его склеп, освещенный «иным солнцем»; в склепе находилось нетронутое тлением тело. В руках покойный держал золотую книжечку, а округлый алтарь был исписан мудрыми изречениями. Братья решили донести до людей эту мудрость, объединяющую прошлое и будущее, провести реформу наук и религии и пообещали добыть больше золота, чем испанский король в недавно открытой Америке.

В1616 году в Страсбурге на немецком языке и без указания имени автора вышла книга «Химическая свадьба Христиана Розенкрейца». На латынь, международный язык науки того времени, она переведена не была, но в 1690 году вышла в английском переводе. В этом аллегорическом и мистическом произведении рассказывалось от первого лица об опыте посвящения Христиана Розенкрейца («христианина Розы и креста»), происходившего якобы в 1459 году. За семь дней, полных чудесных и символических происшествий, герой участвовал в алхимическом бракосочетании короля и королевы, достигающем высшей точки с усекновением головы и воскрешением царственной четы. Алхимия преподносилась как процесс духовного перерождения и источник очищения и внутреннего возрождения. Права на авторство этой книги впоследствии предъявил Иоганн Валентин Адреа (1586—1654). В автобиографии он написал, что она была «шуткой молодости». Он якобы сам удивился, что приключенческий роман получил необычную трактовку, полную скрытого подтекста. Однако его претензии многие находят необоснованными. В трактате нашли отражение учение Парацельса, теория иероглифической монады Джона Ди и т. п.

Но джинн уже был выпущен из бутылки. Алхимические трактаты выходили один за другим; автором одного из них, «Открытый вход в закрытый дворец короля», был королевский медик Джордж Старки, скрывавшийся под псевдонимом Филалет (по-гречески Любитель истины).

В Лондоне алхимические книги продавались в книжной лавке с названием «Пеликан»; птица Гермеса была главным символом ордена розенкрейцеров, но впоследствии она появляется и в символике высших масонских степеней (градусов). Пеликан являлся символом отеческой любви: легенда утверждала, что он вскармливает птенцов собственным мясом. Пеликан олицетворял собой аксиому, согласно которой открыть можно лишь то, чем уже обладаешь, что скрывается внутри тебя самого, связывая, таким образом, физические исследования и духовный поиск .Попытку соединить два ордена предпринял в 1722 году некто, скрывающийся под псевдонимом Фила-лет-младший. Он посвятил великому мастеру, масте-рам-надзирателям и «братьям» почтеннейшей Англии сочинение под заглавием «Братство франкмасонов», в котором утверждал, что «узревшие свет и просвещенные о высочайших и глубочайших тайнах масонства» знают алхимию.

Даже масонские символы получили алхимическую трактовку, став зашифрованным обозначением стихий; так, циркуль изображал огонь, угольник  землю,уровень  воду, а отвес  воздух. Зато «пламенеющая» звезда, один из важнейших масонских символов,  фигуральное изображение мистического центра, энергии расширяющейся Вселенной, отблеск священного огня Храма Соломона,  пришла из алхимии. Изначально это была «звезда Давида», символизировавшая минеральную кристаллизацию. «Пламенеющей» она стала благодаря взрыву сдерживаемой силы (атома). Буква//, заключенная в шестиугольной звезде, обозначала дух, являющийся пленником материи.