Эпоха Просвещения тесно ассоциируется с «Энциклопедией» — монументальным сводом статей по всем областям знания, изданным под руководством Дени Дидро. Однако идею создания универсального словаря вольных искусств и всех полезных наук подал кавалер Рамзай в 1736 году, за десять лет до Дидро; над этим проектом должны были сообща трудиться масоны. К тому времени уже существовал «Словарь искусств и наук» англичанина Эфраима Чамберса, изданный в 1728 году.

Руководство составлением «Энциклопедии» было доверено Дидро и Даламберу, которые не состояли в братстве, но знались с масонами (Дидро даже посетил в качестве непосвященного ложу Девяти сестер), 16 октября 1747 года. Одним из сотрудников был шевалье Луи де Жокур, член Лондонского королевского общества. В редколлегию входило только шесть масонов Кошен, Марнезиа, Де Мезье, Перроне, граф де Трессан и Виллермоз, к которым следует добавить Дюкло, Монтескьё, Венеля и Вольтера, писавших для нее статьи.В общей сложности это эпохальное коллективное произведение состояло из двадцати восьми томов (17 томов статей и 11 томов иллюстраций) и пяти томов приложений, а также двух томов аналитических таблиц. Последний том вышел в 1772 году, после чего «Энциклопедия» неоднократно переиздавалась в Италии, Швейцарии и самой Франции.

Многие подписчики «Энциклопедии» были франкмасонами, распространение этого издания происходило через ложи и околомасонские литературные кружки. Последние десять томов удалось издать только благодаря поддержке министра Шуазеля и маркизы де Помпадур, благоволивших к масонам.Но «Энциклопедия» имела среди масонов и яростных противников. К антифилософскому масонскому клану принадлежали писатель Шарль Палиссо, аббат Дефон-тен и Лефран де Помпиньян, а также Эли Фрерон.Жан Жак Лефран де Помпиньян был поэтом и магистратом, заклятым врагом энциклопедистов. Его мнение не стоит сбрасывать со счетов, поскольку в 1744 году он основал Академию Монтобана, был автором успешных трагедий, писал стихи и переводил древних авторов. В 1745 году он создал в Монтобане ложу из своих друзей-магистратов, которая и двадцать лет спустя еще называлась ложей маркиза де Помпи-ньяна. Его неприязнь к энциклопедистам была вызвана их атеизмом. В 1760 году, после избрания во Французскую академию, маркиз де Помпиньян произнес неловко скроенную «антифилософскую» речь. Осмеянный Вольтером и его друзьями, освистанный и поднятый на смех в уличных песенках, он навсегда уехал из столицы в свой замок близ Тулузы.

Эли Фрерон, будучи литературным критиком, прыскал свои ядовитые стрелы в Вольтера, который стал его смертельным врагом. С 1754 года Фрерон издавал газету «Анне литтерер», в которой вел борьбу с «философами». Вольность и дерзость, с какими он высказывал свое мнение, позволили ему на собственном опыте познакомиться с условиями содержания заключенных в Венсенском замке, Бастилии и Фор-л’Эвек, однако его высокие покровители  королева Франции, принцесса де Ламарк и польский король Станислав Лещинский  помогли ему выйти на свободу.С самого вступления Фрерона в братство в 1744 году ему противостоял Шарль Дюкло, тогдашний мэр Дина-на. Выходец из купечества, он занялся наукой и литературой, стал королевским библиотекарем и историографом Франции, заслужив себе дворянство. С 1755 года он являлся постоянным секретарем Французской академии, состоял и в иностранных академиях, в том числе в Королевском обществе. Пользуясь покровительством министра двора Сен-Флорантена, он способствовал созданию литературного франкмасонства, в том числе в лоне Французской академии, куда он ввел графа де Клермона, великого мастера ордена. Некоторые его литературные произведения, в частности «История мадам де Люз», проникнуты масонскими идеями.

Активное участие в составлении «Энциклопедии» принимал Клод Адриан Гельвеций (1715—1771), прославившийся своим философским трактатом «Об уме», над которым работал 20 лет. Выйдя в свет, книга произвела эффект разорвавшейся бомбы: автор проповедовал материалистические идеи и призывал изменить законы таким образом, чтобы личные интересы индивида соответствовали общей цели. Книгу приговорили к сожжению, на «Энциклопедию» наложили запрет (правда, потом работа над ней продолжилась). Гельвеций же организовал в своем доме философский салон, посетители которого могли общаться на научные и нравственные темы. Мечтой «вольного каменщика» Гельвеция было основать масонскую ложу, которая занималась бы наукой и искусством, а не «августейшей чепухой». Он не успел осуществить этот проект, но его дело продолжила его вдова, Анн Катрин де Линьивиль д’Отрикур: именно благодаря ее влиянию возникла ложа Девяти сестер.

Эта ложа была настоящей академией. Некоторые из ее членов основали в 1781 году Парижский Музей литературы и музыки, а в следующем году их примеру последовал «брат» Пилатр де Розье, основавший Научный музей, позднее получивший имя Лицея. На собрания ложи допускались дамы, хотя это противоречило правилам, установленным в Англии. В нее входили астроном Жером Лефрансуа де Лаланд и писатель Жан Пьер Флориан, художник Жан Батист Грёз и композитор Никколо Пиччинни, скульптор Жан Антуан Гудон и воздухоплаватель Жак Этьен де Монгольфье, врач Жозеф Игнас Гильотен и, возможно, будущий народный трибун Габриель Рикети де Мирабо. Принимали в ложу и иностранцев; например, в ней состояли Бенджамин Франклин, американский корсар Джон Пол Джонс и президент Российской академии художеств Александр Сергеевич Строганов.

Король Швеции Густав III, знавший наизусть «Генриаду» Вольтера, переписывался с французскими масонами и под их влиянием основал Шведскую академию.«Братья» Дюкло и Мармонтель серьезно поработали над новым изданием «Словаря Французской академии», вышедшим в XVIII веке.Статья-посвящение в этом словаре была написана Вольтером, выразившим в ней свое насмешливо-иро-ничное отношение к масонам. В «Опыте о нравах» (1756) Вольтер уподобляет масонские ритуалы карнавальным традициям французских провинций, в которых избирались «дурацкий папа», «король бродяг» и так далее, а самые экстравагантные церемонии возводились в ранг священных таинств. Впрочем, властителю дум практически всей Европы было свойственно менять свои суждения.