Орден баварских иллюминатов был создан 1 мая 1776 года бывшим иезуитом Адамом Вейсгауптом (1748— 1830), профессором естественного и канонического права в университете Инголынтадта. Дата была выбрана не случайно: в Вальпургиеву ночь на 1 мая ведьмы устраивают шабаш на Лысой горе, а Вейсгаупт, порвавший с христианством, по слухам, занимался магическими ритуалами и якобы ставил своей главной целью передать мир во власть Люцифера. Впрочем, это толкование родилось несколько позже, а современники признавали, что изначально орден иллюминатов, то есть «просветленных», полагал своей целью разоблачить предрассудки, просветить людей и сделать их счастливыми, внедряя повсюду здравый смысл и улучшая положение человечества.

Правителей, какими бы замечательными человеческими качествами они ни обладали, в это общество не принимали: руководить народными массами могут только иллюминаты — просвещенные люди, на которых снизошло «озарение». Они клялись помешать государям совершать преступления или ошибки, уничтожить деспотизм, церковную юрисдикцию, способствовать свободе печати. Однако они ожидали увидеть плоды своей деятельности слишком скоро  распространенная ошибка революционеров любого толка. Любовь к внешним эффектам, свойственная XVIII веку, просто поразительна для современного человека. Любое дело надо было окружить массой обрядов и условностей. Так, баварские иллюминаты должны были сменить свои имена на классические античные. Вейс-гаупт стал Спартаком, фон Цвак  Катоном, маркиз де Констанца  Диомедом, Массенгаузен  Аяксом, барон Меггенхофен  Суллой и т. д. Аналогичным образом были заменены все географические названия. Иллюминаты подвергли преобразованию даже календарные месяцы: январь стали называть димех, февраль  бен-мех и так далее, предвосхитив в этом смысле преобразования Великой французской революции.

Орден был организован по принципу пирамиды и поначалу не имел ничего общего с масонством, к которому Вейсгаупт выказывал даже некоторое презрение. Сам он носил титул генерала, как это принято у иезуитов, и руководил Высшим советом из своих ближних сторонников, который называл ареопагом. Только руководству ордена были известны его тайны и цели. Новобранцы («новиции») должны были выдержать двухлетний испытательный срок, прежде чем пройти посвящение в степень «минервала» (обряд инициации тоже был навеян Античностью). Адептам внушали, что цель ордена состоит в том, чтобы превратить человечество в единое целое под руководством «высших неизвестных». Повиновения руководству требовали под страхом смерти. Однако в феврале 1777 года Вейсгаупт был посвящен в масонство в Мюнхене в ложе Осторожности, хотя она и придерживалась совсем других мистических концепций, и вступил вместе с двумя другими членами ареопага в ложу Теодора доброго намерения. Вероятно, их целью было проникнуть в стан врага, чтобы потом его сокрушить. Вышло всё по-другому: в 1780-м к ним примкнул барон Адольф фон Книгге, масон с 1773 года, который реорганизовал сам орден иллюминатов, разделив его на три класса:

1.    Питомник (подготовительная тетрадь, новициат, минервал, младший иллюминат).

2.    Франкмасонство (ученик, подмастерье, мастер, старший иллюминат или шотландский новиций, руководящий иллюминат или шотландский рыцарь).

3.    Таинства (малые таинства — жрец, малые таинства — регент или принц, великие таинства — маг, великие таинства — царь). Книгге придал ордену менее антиклерикальное философское направление в духе Руссо, основанное на идеале аскезы и возвращения человека к естественному состоянию. Согласно новому учению, чтобы восстановить природное равенство между людьми, требовалось уничтожить всякое гражданское общество и частную собственность.Если раньше в орден принимали только жителей Баварии и число членов не превышало нескольких десятков, теперь это ограничение было снято. Общество невероятно разрослось и не избежало обычного следствия массовости: в его ряды проникли злонамеренные люди. Рассеявшиеся иллюминаты основали множество сект, соперничавших между собой, занимавшихся мистикой и каббалистикой. Орден достиг своего апогея в 1782 году, когда была организована провинциальная Великая ложа. К тому времени он охватил своим влиянием всю Рейнскую область, Австрию и Швейцарию. В 1783 году в орден вступил Иоганн Вольфганг Гёте, приняв имя Абариса (прорицателя и жреца Аполлона из мифологической Гипербореи, который обходился без пищи и летал на волшебной стреле, подаренной ему Аполлоном).Однако между Вейсгауптом и Книгге разразился конфликт: первый обвинил второго в «религиозном фанатизме», а тот в отместку опубликовал памфлет, обличающий антиклерикализм своего оппонента и большинства руководителей ордена. По настоянию католического духовенства баварский курфюрст принял строгие меры против масонов и 22 июня 1784 года запретил орден иллюминатов. Вейс-гаупту пришлось оставить кафедру и переехать в Регенсбург, а оттуда в Готу, под покровительство герцога Эрнста И Саксен-Гота-Альтенбургского (1745—1804), сочувствовавшего его идеям.

В 1786 году одного из членов ордена убило молнией неподалеку от Регенсбурга. Полиция обнаружила при нем компрометирующие бумаги, позволившие арестовать руководящую верхушку ордена и опубликовать документы, в которых говорилось о его целях. Подвергаясь преследованиям наряду с уголовными преступниками, баварские иллюминаты постепенно исчезли с юга Германии, только в Саксонии еще оставалось несколько «очагов сопротивления’».
Фактическое руководство почти уничтоженным орденом взял на себя журналист Иоганн Боде, издатель произведений Гёте. В 1787 году он отправился в Страсбург, а оттуда в Париж, на встречу с членами ордена фи-лалетов. Некоторые из них составили ядро тайного ордена филадельфов, наследников иллюминатов. «Складывается впечатление, что масонство повсюду более или менее заражено неким современным изобретением,  писал валлонский негоциант Франсуа Жозеф Эмманюэль Баро из Триеста.  В Германии и в особенности в Вене ширится влияние иллюминатов, во Франции мартинизма, в Англии  сведенборгизма и теософизма». Сам Баро состоял в ложе Гармонии и всемирного согласия, предававшейся месмеризму.